DENAM,kalite güvence sistemini yürütürken aşağıdaki kalite ilkelerini benimsemektedir.
Merkez etkinliklerinin;Merkezin misyonu, vizyonu ve amaçları ile uyumlu olmasını sağlamak,
Sürekli ve sistematik değerlendirme ile iyileşen bir kurum olmak,
Kaynak kullanımına ilişkin kararlarını veri ve bilgiye dayalı vererek, kaynaklarını etkin, verimli ve etkili kullanmak,
Merkezin tüm paydaşlarının planlama, uygulama, değerlendirme ve önlem alma süreçlerine katılımını sağlamak, onlarla etkili iletişim veiş birliğiiçinde olmak,
Tüm araştırmacıları ve öğrencileri dâhil ederek; birlikte çalışma ve uzlaşma kültürünü beslemek,
İnsan kaynaklarının yetkinliğini ve motivasyonunu korumak ve artırmak,
Veri Yönetimi, Kalite Güvencesi ve Risk Yönetimi sistemlerinin sürekliliğini sağlamak,